Περισσότερο γλαφυρός από οποιουδήποτε άλλου ναού της Αλεξανδρούπολης είναι ο τρόπος που τελείται η λειτουργία της Αποκαθήλωσης στο ναΐσκο της Ιεράς Μονής Αετοχωρίου. Κι αυτό γιατί ο Εσταυρωμένος βρίσκεται έξω από ναό, σε έναν ευμεγέθη Σταυρό ενώ και το ομοίωμα Του είναι αρκούντως μεγαλύτερο σε σχέση με αυτά που προσκυνούν οι πιστοί στις υπόλοιπες εκκλησίες.

Έτσι, οι ιερείς την ώρα της ανάγνωσης του Ευαγγέλιου εξέρχονται του ναού και κατευθύνονται στον Σταυρό, από όπου αποκαθηλώνουν τον Εσταυρωμένο και τον τυλίγουν στην Ιερά Σινδόνη για να τον μεταφέρουν μέσα.

Μαζί με τους ιερείς εξέρχονται από το ναό και οι πιστοί που παρακολουθούν τη λειτουργία, η οποία συνήθως τελείται μεσημβρινές ώρες, αφού σύμφωνα με τα ιερά κείμενα ο Ιησούς εξέπνευσε στον Σταυρό στις 15.00 το μεσημέρι, έξι ώρες μετά την Σταύρωσή Του.